Próba zajęcia Trzemeszna podjęta została przez prusaków po pierwszym rozbiorze Polski, a wcielana w 1774 roku napotkała zdecydowany opór mieszkańców, którzy doprowadzili do wycofania się zaborcy. Miasto prusacy zajęli po drugim rozbiorze Polski w styczniu 1793 roku, kiedy to Wielkopolska wraz z Poznaniem znalazła się pod zaborem.
Zaborca na opanowanych ziemiach wprowadził własną strukturę organizacyjną według prawa pruskiego. Utworzono powiat mogilnicki, chociaż Trzemeszno w 1818 roku i nadal w roku 1910 było największym miastem powiatu. Obok magistratu działał tu sąd, wybudowano gmach poczty, funkcjonowała polska kasa pożyczkowa, 5 hoteli, restauracje i karczmy. Przemysł reprezentowały rzeźnia miejska, krochmalnia, browar, i 2 mleczarnie parowe. Nad bezpieczeństwem czuwała straż ogniowa, uruchomiono lampy uliczne i sieć wodociągową. Funkcjonowała poczta dyliżansowa a nieopodal miasta przebiegała kolej żelazna. O zdrowie mieszkańców dbało kilku lekarzy, był szpital na 8 łóżek i funkcjonowała apteka.
Dla najmłodszych utworzono ogródek dziecięcy, dzisiejszy odpowiednik przedszkola. Dzieci w wieku szkolnym na poziomie elementarnym edukowano w 3 szkołach wyznaniowych. Panie uczęszczały do seminarium nauczycielskiego i wyższej szkoły żeńskiej. Chłopcy uczęszczali do miejskiej szkoły zawodowej i największego w regionie gimnazjum katolickiego, zdegradowanego przez prusaków do międzywyznaniowego progimnazjum.
Szykany zaborcy powodowane były dwoma czynnikami utrudniającymi prusakom administrowanie. Miasto utrzymywało dominującą przewagę mieszkańców narodowości polskiej, a do tej liczby dochodzą spolszczeni mieszkańcy narodowości niemieckiej, zaś mieszkańcy podejmowali antypruskie działania niepodległościowe.
Podczas Insurekcji Kościuszkowskiej w sierpniu 1794 roku wsparcia oddziałom walczącym w pod dowództwem gen. Antoniego Madalińskiego udzielił klasztor kanoników regularnych. Powstańcom dostarczono pieniędzy i ekwipunku. Insurgentami zostali mieszkańcy Trzemeszna i okolicy. W walce pod Bydgoszczą rozgromiono oddziały pruskie pułkownika Szekely’ego. Insurekcja upadła, przywódców aresztowano, a po latach nastąpiła kasata zakonu.
Po wybuchu powstania listopadowego kilku mieszkańców Trzemeszna potajemnie przekroczyło granicę zaboru przystępując do oddziałów powstańczych. Annały wymieniają 16.letniego ochotnika, powstańca Romualda Łukowskiego, syna rolnika z Trzemeszna.
Na wieść o rewolucji w Europie, powołaniu Komitetu Narodowego i podjętych działaniach powstańczych w Poznaniu, 21 marca 1848 roku powstał w Trzemesznie 17. osobowy Komitet. Około 1500 ochotników pod dowództwem Józefa Garczyńskiego przejęło miasto i przygotowało się do jego obrony budując barykady i umocnienia. Do starć z pruskimi oddziałami doszło w kwietniu 1848 roku. Poległo 16 obrońców, a około 30 zostało rannych. Trzemeszno zostało opanowane 6 maja.
Na wieść o wybuchu powstania w styczniu 1863 roku władze pruskie prewencyjnie skierowały do Trzemeszna 2 pruskie kompanie piechoty. Pomimo to 28 lutego 1863 roku około 60 gimnazjalistów potajemnie wyruszyło z Trzemeszna do powstania. Oddali ojczyźnie życie. Tylko w bitwie pod Mieczownicą poległo 11 gimnazjalistów, a wielu odniosło rany. Tablica upamiętniająca powstańców styczniowych w gmachu szkoły wymienia nazwiska 28 bohaterów.
Powstanie wielkopolskie 1918-1919 wybuchło w Trzemesznie w godzinach rannych 28 grudnia 1918 roku. Jeszcze tego samego dnia opanowano większość punktów strategicznych miasta, w tym magistrat, pocztę i dworzec. Gmach sądu przejęto dnia następnego. Komendantem miasta Trzemeszna został Edmund Sędzierski, kancelarią kierował Mieczysław Weinert i Leon Lange. Kilkudziesięcioosobową ochotniczą kompanię trzemeszeńską utworzył i poprowadził w bój Władysław Wlekliński. Szlak bojowy podzielić należy na etapy wymarszu z Trzemeszna, w kierunku na Gniezno; w kierunku przez Mogilno na Inowrocław; w kierunku przez Żnin, Łabiszyn, Szubin na Rynarzewo; i walki o utrzymanie powstańczego frontu na linii rzeki Noteć do zwycięskiego rozejmu. Po latach pruskiej niewoli wywalczono niepodległość.
